Biblioteka z działem Zbiorów Specjalnych posiada w swoich zasobach specjalistyczny księgozbiór. Obejmuje on literaturę związaną tematycznie z profilem zbiorów muzealnych. Są to wydawnictwa z zakresu: historii, sztuki, archeologii, etnografii, numizmatyki, muzealnictwa i ochrony zabytków. Szczególną wagę przykłada się do wydawnictw dotyczących Pomorza, Chojnic i regionu.
Historię zbiorów bibliotecznych zapoczątkował Julian Rydzkowski (1891-1978) – twórca i kustosz Muzeum Regionalnego w Chojnicach. Gromadził przede wszystkim wydawnictwa z dziedziny historii Pomorza, głównie Chojnic. Zbiory te w znaczący sposób wzbogacił Albin Makowski (1908-1982) przekazując do Muzeum swój liczny księgozbiór, w tym cenną kolekcję starodruków – ksiąg wydanych pomiędzy 1500 a 1800 rokiem, który obecnie liczy 45 pozycji w 49 woluminach. Ilościowo przeważają druki z XVIII wieku. Najstarszy starodruk pochodzi z 1552 roku. Jest to zbiór listów papieża Leona X zebrany przez Piotra Bembi. Egzemplarz ten wcześniej znajdował się w chojnickim gimnazjum. Spośród rękopisów na uwagę zasługują: egzemplarz Kroniki klasztoru bernardynów w Zamartem z 1747 r. oraz Liber Regestrorum czyli księga rejestrów kościoła farnego z 1738 r.
W zasobach bibliotecznych znajdują się unikatowe pozycje lokalnej, przedwojennej prasy, jak Conitzer Mitteilungen, Konitzer Tageblatt, Dziennik Pomorski, Lud Pomorski, Zabory oraz czasopisma historyczne wydawane w języku polskim i niemieckim.
Obecnie Biblioteka Muzealna wraz z Działem Zbiorów Specjalnych liczy ok. 17 tysięcy pozycji inwentarzowych. Należą do nich: książki, czasopisma, rękopisy, mapy, fotografie, pocztówki prezentujące dawne Chojnice, archiwalia i dokumenty życia społecznego.
Zbiory biblioteczne służą nie tylko pracownikom naukowym Muzeum w ich pracy badawczej i opracowywaniu wystaw. Księgozbiór udostępniany jest na miejscu w czytelni wszystkim zainteresowanym. Do głównych zadań biblioteki należy gromadzenie zbiorów, opracowanie ich i udostępnianie do celów naukowych i edukacyjnych. Biblioteka prowadzi też wymianę międzybiblioteczną i opracowuje kwerendy.