Muzeum Historyczno-Etnograficzne w Chojnicach gromadzi zbiory w 5 podstawowych działach: archeologicznym, historycznym, etnograficznym, sztuki oraz zbiorów specjalnych z biblioteką.
Od kilku lat muzeum prowadzi badania w zakresie pozyskania zbiorów i odtworzenia rozproszonej po wojnie unikalnej kolekcji łowieckiej, stanowiącej własność zasłużonej dla Chojnic i znanej na Pomorzu rodziny Łukowiczów, w szczególności cenionego chirurga dra Jana Pawła Łukowicza. Ponadto muzeum systematycznie uzupełnia zbiory związane z kolebką polskiego żeglarstwa śródlądowego w Charzykowach k. Chojnic z zamiarem otwarcia w przyszłości ekspozycji stałej.