skupia się na gromadzeniu zabytków dokumentujących najstarsze dzieje powiatu chojnickiego – począwszy od okresu schyłkowego paleolitu, poprzez okres rzymski do końca średniowiecza. Wśród nich na uwagę zasługują obiekty związane z Gotami i reprezentowaną przez nich kulturę wielbarską. Szczególnie ważne miejsce zajmują zbiory potwierdzające ciągłość osadniczą na interesującym nas obszarze. Zbiory archeologiczne pochodzą z wykopalisk i nadzorów prowadzonych na terenie Chojnic i powiatu (Leśno, Odry), z interwencji archeologicznych muzeum oraz znalezisk przekazanych w formie darów. Dział archeologii funkcjonuje jako jeden z podstawowych od początku istnienia muzeum w ścisłej współpracy naukowej z Zakładem Archeologii Pomorza Instytutu Archeologii Uniwersytetu Łódzkiego. Do najcenniejszych zbiorów należy wyposażenie grobu książęcego oraz grobów kapłańskich: złota i srebrna biżuteria, bursztynowe i szklane paciorki, moneta celtycka, skarabeusz, przybory toaletowe, elementy stroju. Szczególne miejsce w kolekcji ze względu na formę i stan zachowania zajmują dwa naczynia rzymskie terra sigillata wykonane ok. 178 r. n.e. w warsztatach w Reihnzabern nad Renem, brązowy kociołek żłobkowany, stanowiący import rzymski, oraz rzadkie okazy numizmatów, m.in. datowane na 2 poł. I w.n.e.: srebrna moneta celtycka i złoty aureus cesarza Witeliusza.